A vízlépcső közel 25 éves üzemeltetése után, 1996-ban az üzemeltető előirányozta a létesítmény rekonstrukcióját.

Célja a vízlépcső műszaki állapotának felújítása, a technológiai berendezések és kiszolgáló létesítmények korszerűsítése, üzembiztonságának növelése, továbbá az elkövetkező 25 éves üzemelési időszakban a vízlépcső üzembiztos működtetésének biztosítása.
A vízlépcső meglévő állapotának feltárására, műszaki felújítására 1996-ban teljes körű állapot felmérés és rekonstrukciós koncepcióterv készült. A koncepcióterv a főműtárgyak – duzzasztómű, hajózsilip, hullámtéri duzzasztómű – valamint a parti létesítmények felújítási munkáira adott javaslatot.

A rekonstrukciós munkák lebonyolítását a vízlépcső üzemének fenntartása mellett három ütemben irányozták elő.
A rekonstrukció I. üteme (1997-99) tartalmazta a duzzasztómű elektro olajhidraulikus mozgatóberendezésének, jégmentesítő rendszerének, a 2 db 40/10 tonnás bakdarunak, továbbá a hajózsilip vezénylőtoronynak, a villamos vezérlőberendezéseknek és az 5+5 tonnás bakdarunak a felújítását. Ebben az időszakban lett felújítva az üzemellenőrző rendszer, illetve az igazgatási épület és laboratórium.

A rekonstrukció II. üteme (2000-02) tartalmazta a duzzasztómű belső üzemi villamosenergia ellátó és világító rendszer, az üzemi híd dilatáció, a tűz- és vagyonvédelmi rendszer, a műhelyek, a raktárak, a kazánház fűtési rendszer, a szociális lakások, a térvilágítás, továbbá a hullámtéri duzzasztómű 15+15 tonnás bakdaru felújítását, korszerűsítését.

A rekonstrukció III. üteme (2003-05) tartalmazza az üzemi híd pályaszerkezetének felújítását, a hajózsilip felvízi vezetőművének átépítését, valamint a technológiai berendezések felújítását.

A rekonstrukció III. ütemének befejezése után elő kell irányozni a műtárgyak vasbeton szerkezetének és betonfelületének felújítását.

Az elkészült rekonstrukciós munkák műszaki, technológiai korszakváltást eredményeztek, növelték az üzembiztonságot, csökkentették az üzemeltetési költségeket és esztétikusabb megjelenést biztosítanak a vízlépcsőnek és környezetének.